Carinės Rusijos sudėtyje

1795 m., Lenkijos-Lietuvos valstybei žlugus, Edukacinės komisijos sukurta universitetinė sistema Lietuvoje funkcionavo iki 1830-1831 m. Universitetas buvo pavaldus Peterburge reziduojančiam Vilniaus švietimo kuratoriui. Pagal 1803 m. rusų caro įsakymą ši aukštoji mokykla imta vadinti imperatoriškuoju universitetu. Katedrų skaičius universitete buvo padidintas iki 32, o dėstomų dalykų - iki 55. Studentų ir katedrų skaičiumi universitetas buvo didžiausias Rusijos imperijoje.

Šiuo laikotarpiu universitete dirbo garsūs mokslininkai: astronomas, matematikas ir filosofas J. Sniadeckis, istorikas J. Lelevelis, Veterinarijos katedros veiklą universitete pradėjęs L. M. Bojanus, gamtininkas J. Jundzilas, medikai - tėvas ir sūnus Frankai, pirmųjų medicinos klinikų ir institutų Vilniaus universitete kūrėjai. Vakcinacijos ir Motinystės institutai Vilniuje buvo pirmos tokio pobūdžio įstaigos Europoje.

Po 1830-1831 m. sukilimo, kuriame dalyvavo ir studentai, 1832 m. Rusijos valdžia universitetą uždarė. Vietoj jo įsteigtos Teologijos ir Medicinos mokslų kolegijos, tačiau 1842 m. jos iškeltos iš Lietuvos. Šitaip Lietuva neteko svarbiausio to laiko mokslo ir kultūros centro ir beveik šimtmetį liko be aukštosios mokyklos.

Pirmoji lietuvių mokslo draugija 1889 m. buvo įsteigta ne savame krašte, bet Baltimorėje (JAV). Tik panaikinus spaudos draudimą ir Lietuvoje 1907 m. carinės valdžios buvo leista įkurti Mokslo draugiją, kuri suvaidino labai svarbų vaidmenį, telkdama krašto intelektualus, skatindama lituanistinius ir kt. tyrinėjimus.