Atsikūrusioje Lietuvos valstybėje

1918 m. vasario 16 d. paskelbusi Lietuvos nepriklausomybę, Lietuvos Valstybės Taryba skubino parengti universiteto statutą. Jis patvirtintas tų pačių metų gruodžio 5 dieną. Vilniaus universitetas turėjo būti atidarytas 1919 m. sausio 1 d., tačiau Raudonajai armijai okupavus Vilnių, tai neįvyko. Bolševikų valdžia tada išleido dekretą dėl Vilniaus universiteto (Darbo universiteto) įkūrimo, tačiau lenkų kariuomenei užėmus Vilnių ir šis dekretas nebuvo įgyvendintas. Lenkų okupacijos metu Vilniuje veikė lenkiškas Stepono Batoro universitetas, o atkurti Vilniaus universitetą tapo įmanoma tik 1939 metais.

Lietuvos Valstybės Tarybos atliktas darbas organizuojant universiteto atkūrimą nenuėjo veltui. 1918 m. parengtas Vilniaus universiteto statutas tapo 1922 m. Kaune įkurto Lietuvos universiteto pradinio etapo veiklos pagrindu. Lenkams užgrobus Vilnių, visuomenės atstovai ėmė rūpintis, kad aukštoji mokykla būtų įkurta laikinojoje sostinėje Kaune. 1919 m. spalio 15 d. buvo įsteigti Aukštieji kursai, kurie 1922 m. buvo perorganizuoti į Lietuvos universitetą (nuo 1930 m. - Vytauto Didžiojo universitetas), kuris ir tapo svarbiausiu šalies mokslo centru.

Pagal 1922 m. Statutą, Universitete veikė Humanitarinių mokslų, Matematikos-gamtos, Medicinos, Technikos, Teisių ir Teologijos-filosofijos fakultetai. 1939 m., grąžinus Vilnių Lietuvai ir atkūrus Vilniaus universitetą, trys jo fakultetai: Gamtos ir matematikos, Humanitarinių mokslų bei Teisės, perkelti į Vilnių ir sudarė tolesnės Vilniaus universiteto raidos pagrindą. Lietuviškas Vilniaus universitetas pradėjo veikti 1940 m. pradžioje.

1922-1940 m. Kauno Vytauto Didžiojo universitete mokslų daktaro laipsnį gavo 59 žmonės.

Steigiant Lietuvos universitetą nemažai diskutuota dėl šios aukštosios mokyklos profilio, ypač dėl taikomųjų mokslų specialybių (pirmiausiai technikos ir žemės ūkio) įvedimo. Tačiau remiantis kai kurių Europos universitetų patirtimi apsispręsta, kad Lietuvos universitete būtų jau minėti įvairių studijų krypčių fakultetai. Vėliau kai kurie šio universiteto taikomųjų mokslų fakultetai arba skyriai tapo savarankiškomis aukštosiomis mokyklomis.

Universiteto Matematikos-gamtos fakultete veikusio Agronomijos skyriaus ir Dotnuvos žemės ūkio technikumo bazėje 1924 m. buvo įkurta Žemės ūkio akademija (dabar - Lietuvos žemės ūkio universitetas); Medicinos fakulteto Veterinarijos skyriaus bazėje 1936 m. įsteigta Veterinarijos akademija (dabar - Lietuvos veterinarijos akademija).

Be minėtų aukštųjų mokyklų, 1918-1940 m. Lietuvoje veikė tokios aukštosios mokyklos: Aukštoji Kauno meno mokykla (įkurta 1939 m.), Vytauto Didžiojo aukštoji karo mokykla (1931 m.), Kauno konservatorija (1933 m.), Aukštieji kūno kultūros kursai (1934 m.), Klaipėdoje - Prekybos institutas (1934 m.; vokiečiams 1939 m. užėmus Klaipėdos kraštą, perkeltas į Šiaulius) ir Pedagoginis institutas (1935 m.; 1939 m. perkeltas į Panevėžį, o po to į Vilnių ir pavadintas Vilniaus pedagoginiu institutu, dabar - Vilniaus pedagoginis universitetas), Telšiuose - Žydų rabinų aukštoji mokykla.

Nuo 1939 m. sausio 1 d. pradėjo veikti Lituanistikos institutas - pirmoji stambesnė mokslo įstaiga, išlaikoma iš biudžeto. Šio instituto pagrindu 1941 m. sausio 16 d. buvo įkurta Lietuvos SSR mokslų akademija, pokario metais tapusi svarbiausia mokslo organizavimo institucija Lietuvoje.

Nuo pat vokiečių okupacijos pradžios vokiečių okupacinė administracija nepalankiai žiūrėjo į Lietuvos aukštųjų mokyklų veiklą. 1943 m. kovo 17 d. vokiečių okupacinės administracijos įsakymu Vytauto Didžiojo ir Vilniaus universitetai bei kitos Lietuvos aukštosios mokyklos buvo uždarytos, kelios dešimtys mokslo ir kultūros veikėjų atsidūrė nacių koncentracijos stovyklose.